Le dortoir, constitué souvent de quelques arbres entourés d'eau, peut-être partagé avec des cigognes, des hérons, des ibis ou avec d'autres cormorans. L'oiseau le quitte habituellement juste après l'aube et rejoint dans un premier temps un reposoir diurne avant d'aller pêcher.
Le cormoran africain passe environ un quart de sa journée à se nourrir. Il est plus particulièrement actif à l'aube et au crépuscule. Cet oiseau nage très bas sur l'eau, ne laissant souvent dépasser que sa tête et son bec. Son plumage n'est pas imperméable, l'eau y pénètre et en chasse l'air, si bien que l'oiseau peut plonger et atteindre ainsi rapidement le fond. Il nage sous l'eau en maintenant les ailes fermées et en utilisant ses larges pattes entièrement palmées pour se propulser.
Le cormoran africain se nourrit surtout de poissons. Il a un bec crochu qui lui permet de maintenir les proies glissantes. Il rapporte généralement le poisson à la surface avant de l'engloutir, la tête la première. L'espèce consomme également des grenouilles, des insectes aquatiques, des crustacés, tels que les écrevisses d'eau douce , et même des oisillons. Les jeunes sont nourris exclusivement de poissons régurgités.
